堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣告不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资制作了堂本音乐厅，预备在完工之日举办演奏会。但是在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆破案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有肯定音感的秋庭也开始遭受到风险：润生茶被下药、作森林浴时遭受空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。 但是就是从这些事情中，柯南找到了推理的逻辑：凶手企图把秋庭扫除在凶杀外。这边现已正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆破连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人登时危在旦夕，肯定音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆破的逻辑，要在罪犯引爆最终一个炸弹前，把他找出来。