2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，承受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管连续被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。清楚明了，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为亲近的联络。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请奥秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），妄图阻挡奥秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解根由的难缠敌手将当麻视作杀害爸爸妈妈的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。