19年后，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）再次启程，旨在将埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归还原地——传说中，归还圣物者将被赐予巨大力气。 在琼斯的老友奥克斯发现水晶头骨前，这一切还仅仅传说。可奥克斯之后却不知何以丧失了心智，并落入苏联特工队的手中。为首的冷酷女间谍艾瑞娜（Cate Blanchett饰）深深着迷于所谓的神秘力气，她钳制琼斯一行人与其一起前往亚马逊流域，找寻丢失的黄金城埃克托王国。 在秘鲁密林，琼斯等人和苏军打开酣畅淋漓的战斗，其间还伴随着沼泽、食人蚁、原始土著进犯等丧命要挟，在他们历经千难万险，终究踏入密室的那一刻，世界上最奇异的现象呈现了……