明朝有一个神秘的组织——玄衣卫，专门破获各种离奇事情，组员包含苗疆传人、萨满后嗣等超自然界高手。故事叙述了玄衣卫被奸人陷害的几年后，凶恶组织过阴堂日益猖狂，皇城神枢营侍卫数月内屡次无故失踪。皇帝大怒，特命玉麒麟彻查办此事。家国安危之下，前玄衣卫指挥使高建斌只身刺探，在北镇抚司大战黑衣杀手，更是引出了背后更大的阴谋……