漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某安排，盗走了记载着各国谍报安排重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆掉落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和同伴们来到东都水族馆参观，成果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法运用。柯南等人容许要帮她康复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣安排成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子特殊的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，底子会想到跟着那名奥秘女子技艺的康复，自己立刻就要被卷入黑暗安排的杀戮和混乱之中……