风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客忽然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手决断打开追击，然而对方胆大非常，公开摧毁阻拦他的警车，在重重包围中抽身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违背交战准则，射杀了手无寸铁的布衣，尔后他更在战场上遭遇影响一生的创痛，人生也完全跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些消灭了他的人生的人们复仇。 狙击事件连续而起，全东京陷入莫大的恐慌之中……