漆黑的夜晚，一名特务悄然潜入日本警方某组织，盗走了记载着各国谍报组织重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与特务展开追逐。最终，逃亡者的车辆掉落山崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，成果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状况，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她康复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在共处过程中，女子非凡的身手和古怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份发生怀疑。 刚刚还一派吉祥的水族馆，沉浸在高兴之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的康复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……