故事将从沉睡在福萨马格纳的古代化石调集在一起，变成巨大的怪兽并前往东京的背景下展开。人类将其视为自然灾害，只要妖怪们注意到了本相，开端忧虑未来。这样下去国际就会消亡。能够封闭这一现象的是承继了传说中妖怪猎人血缘的琦玉县所泽市小学生渡边兄，被视为解救国际的勇者的少年和卷进其中的妖怪们展开了大冒险。