200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战役。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，完毕了战役。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，可是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸开掘的古遗迹中获得了一个奇特的卡盒。云天决定前往寻觅4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了爸爸妈妈，踏上旅程