魔法学院中海螺长老正在给魔法少年们传授海洋常识，幻化成黑雾的海蛇女王突然侵袭魔法学院，不但抓走了海螺长老，还用利用海螺长老的法器海螺吸干了海水。教官意识到海底国际的危险命令魔法少年前往海底国际救援，魔法少年们来到海底国际后很快发现了异样，并将方针锁定住了海蛇女王，本来海蛇女王是海底废物辐射后的变异体，狼子野心的海蛇女王联合电鳗法师、虾兵蟹将在海底国际肆无忌惮，并利用“海晶”控制缺水的海底精灵们，企图统治海底国际。魔法少年们剖析出事件的真相后与海螺长老、海公主、小涂涂等海底精灵齐心协力，不畏艰险，最终战胜了海蛇女王，夺回了海螺，恢复了海底国际的自由和高兴，通过这次的战役之后魔法少年们也愈加深刻的理解了不乱扔废物，保护环境的重要性。