这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 因为遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的武器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物武器。并一起组织了特别部队“GOD EATER”。自此，人类总算获得了与荒神对抗的力气。