鬼魂军团的鬼域（中村秀利 配音）经过奥秘的暗黑医疗术，复活了具有足以消灭世界恐惧力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），期望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于鬼域身上，随即命令鬼魂军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言逝世能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的魂灵和肉体合二为一，世界将完全灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调集起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）授命前去维护紫苑。但是，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……