当HYDRA的秘密不再是秘密之后，该剧便可以全力在这方面展开剧情了。在第二季中，新任神盾局局长Coulson和他的团队成了「通缉犯」，HYDRA组织仍在追杀他们，而且能够调集的资源现已非常有限，但那不会阻挠他们持续「为世界的和平与安全而战」——究竟已知的和未知...