影片叙述了在一个时局动乱，军阀割据的时代，大众民不聊生，坊间谣传诡门十三针是一种神奇的针法，可以医治各种疑难杂症，主人公赤瞳从小便是孤儿，爸爸妈妈便是被阴病所害，在与苏哮天结识之后，踏上了用诡门十三针医治阴病的旅程，经历了一番艰难的斗争之后，苏哮天在与阴病的战役中，不幸离世，赤瞳继承了苏哮天的意志，踏上了铲除阴病的路途……