1949年，解放军平和解放新疆，新疆军区建立，甘祖昌担任后勤部副部长。当时，敌特支持投机倒把分子新疆打乱物价，大肆独占黄金银圆，妄图从经济上困死解放军，甘祖昌贱价将银圆投入流转商场，打击奸商气焰，稳定商场，稳定新疆政局。这以后，敌特分子为报复甘祖昌制作车祸，令他头部重伤。1955年甘祖昌被授予少将军衔，和他同村一起入伍的李保山则授校衔。李对甘很嫉妒，违纪后被免去回乡。甘祖昌脑震荡后遗症严重，自觉不在适合服务戎行，加之回家后看到家乡虽解放但日子仍贫穷，自请辞职，解甲归田，回到老家江西莲花县沿背村。回乡后，他不辞辛劳，继续为家乡经济建设做奉献。他排除万难，修整水旱田，建筑水库，创建公社农科所等，使农人日子大有改善。甘祖昌不恋高位而选择奉献，不图享受而甘于斗争的精神成为领导干部的楷模，年代的前锋。