幕府时代中期，德川中心财政日渐亏空。贪婪的统治者为了聚敛钱财，不惜大肆克扣当地大名的财产和土地。为到达监控大名的目的，幕府向当地派出众多有着“阴影”之称的密探。当地不胜其扰，于是联合其他诸藩延聘有着“阴影猎人”之称的绝世高手狙击这群来自中心的恶徒。室户十兵卫（石原裕次郎 饰）、“日光”干武之进（内田良平 饰）、“月光”日下弦之助（成田三樹夫 饰）三人皆因幕府和阴影成为无主可依的浪人，出于对幕府的憎恶，他们结成了阴影猎人三人组。但马国出石藩新发现的矿产，引得幕府垂涎，幕府为此奸计百出，而十兵卫带领的阴影猎人和阴影集团的战争也愈演愈烈……