影片讲述了在一个时局骚动，军阀割据的年代，百姓生灵涂炭，坊间谣传诡门十三针是一种奇特的针法，能够治疗各种疑难杂症，主人公赤瞳从小便是孤儿，爸爸妈妈便是被阴病所害，在与苏哮天结识之后，踏上了用诡门十三针治疗阴病的旅程，阅历了一番困难的斗争之后，苏哮天在与阴病的战役中，不幸离世，赤瞳承继了苏哮天的意志，踏上了根除阴病的路程……