进入正化年间（始自1989年），为了改善混乱堕落的社会风气，日本政府公布《媒体良化法》，并成立特别部门对所有或许影响世人身心健康的书本进行查封与毁掉。可与此同时，言论自由也遭到粗犷遏制和镇压。为了保卫自由思想，名为“图书馆自卫安排图书队”的安排应运而生，他们为了维护书本拿起武器，许多人为此献出生命。高中时代曾被视为“王子大人”的图书队员相助，热血女孩笠原郁（荣仓奈奈 饰）决意加入图书队，可是负责训练她的二等图书正堂上笃（冈田准一 饰）似乎总有意刁难笠原，而女孩仍旧凭仗自己的尽力成为一名图书特别部队成员。在接下来的日子里，笠原和堂上教官、同期手冢光（福士苍汰 饰）的友谊和信任日益加深。未过多久，左右言论自由的重大事件到来，图书队和媒体良化队宿命的战争拉开大幕……