地球物理学家田所雄介博士（小林桂树 饰）带领自己的团队前往深海科考，却发现海底出现异常龟裂与乱泥流，在一系列查询之后，他得出来日本列岛在一年后行将淹没的结论。可是日本政府的官员们却以为田所博士的猜测只不值得相信的谎话。只要山本首相（石坂浩二 饰）认识到事态的严重性，而且委任田所的前妻鹰森沙织（大地真央 饰）为危机管理大臣，带领田所博士和他们的团队设法拯救日本。很快，从北海道开始，日本诸岛先生产生大规模的地质灾害，整个日本堕入一片恐慌。政府关于灾害一筹莫展，仅有的海外移居方针完全不能应对急剧恶化的态势，日本诸岛完全淹没的实际行将上演。最终，田中博士和自己的科考队员们终于找到一个可以挽救日本的方法，但这个方法的实际操作却困难重重……