明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。从前叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为平和主义者，与朋友们一同在东京过着平静的日子。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——有人准备替天行道，审判之日近在眼前。此人名为雪代缘，对剑心怀恨在心，带着一众手下前来复仇。目睹无数无辜之人被牵扯进这场严酷的奋斗，剑心终将面临一场审判，并由此找到对过去的救赎。