第二次世界大战前夕，一名普通的陆军战士（龟梨和也 饰）因协助伙伴而殴打长官，随后被军事法庭判处死刑。关键时刻，名叫结城（伊势谷友介 饰）的奥秘男人忽然呈现，并将之吸纳进专门培养间谍的秘密部门——D机关。历经层层检测，青年终于得到第一项使命。不久前某犹太科学家遭到暗杀，而他记载着最新式兵器设计图的黑色笔记据说落入美国大使埃内斯特·格雷厄姆（Richard Moss 饰）手中。青年化名嘉藤次郎来到了被称为魔都的城市，乘机盗出笔记。与此同时，英、苏、德等国的特工也闻风而动，高峰的间谍大战行将打开……