故事首要讲述了几世前一位默默无名的小药童，不肯与无良药商同流合污，用生命看护药草，终究药草吸附了药童的鲜血有了灵性。几世轮回，以钩藤为首的四味药草（钩藤、曼罗、水苏、豆蔻）幻化为药灵，有了人的容貌，他们必须再次寻找到一位真心驭药人，用鲜血滋养药身，才能真正修炼成仙。而一旦他们成仙，人间也便再无这味药草。云来镇小药师林东笙，心胸济世之梦，努力寻找这四味绝迹药草治病救人。在两边互相寻找的过程中，曼罗等终于发现林东笙即前世用命看护自己的种药小子，想要回报时，却被与林家代代结仇的刘虎设下狡计，栽赃林东笙故意下毒，引来官府及药灵谷的两层追杀。曼罗为维护林东笙不惜与钩藤、水苏等分裂，在拯救苍生与自我获益之间，每个人都面临着重要抉择……