故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少量基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强才能的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老迈出现在超梦的面前，用甜言蜜语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己就事，但没过多少时刻，超梦再次对自我感到苍茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决议开始它的复仇之战。