真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练奇特宝物的资历。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的奇特宝物训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智由于早上赖床迟到，险些失去挑选奇特宝物的资历，无奈下他领走了一只被挑剩下的奇特宝物——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又叫电气鼠，尽管长相可爱，但性情含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把奇特宝物图和宝物球作为饯别礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，奇特宝物的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎候他们的到底是光亮还是漆黑，小智能否如愿成为奇特宝物大师呢？