圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，很多大众声讨抗议。而就在此刻，担任护卫的差人机动部队忽然掏枪对示威大众展开无差别屠杀。血腥恐惧的事情背面，奥秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的伙伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（茅野爱衣 配音），其身上好像躲藏着使用虚拟回忆进行恐惧活动的现实。公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）回绝将其交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香 配音），而是指令草薙将艾玛护送至501机关接受查询。草薙在少女身上不仅发现两个魂灵的存在，更接触到了被官方、军方可以躲藏的凄惨真相……