神谕局奸细高云龙（阮表扬饰）受命进入明朝，在寻找此前已去的好友曹小妹（陈嘉桓饰）的一起清查时空打乱的安排诡计，一起帮助，从而陷入东林书院与东厂的纷争，东林书院成员接二连三遭到谋杀，然而对凶手的查找却毫无线索，书院大哥叶敬卿（宋庭隽饰）终究禀明朝廷，让皇上下令彻查谁在蛊惑人心，并直指东厂。至此，一场浩大愁情以正义收官，高云龙则留于明朝继续事业。