讲述了忍者神龟与蝙蝠侠跨时空相遇，他们本都是静静看护正义的使者。然而在根除罪恶的过程中蝙蝠侠和忍者神龟产生了误解，通过一系列打斗后，免除互相的误解，一起作战，看护城市的平和以及人们的安全。