300年前，沿海居民不堪忍受外来殖民侵略者的压迫与搜刮，组成海盗与殖民者作战。海盗们将殖民者的财宝抢来埋藏在一片奥秘海域，传说堆积如山的财宝光辉闪耀，变成美丽的彩虹，从此海盗和他们的瑰宝以彩虹而出名。自称彩虹海盗后人的海狸波波（谢元真 配音）将传说编成故事说给海底居民们听，结果引来了寻觅财宝不成的海马宗族以及凶狠奥秘的独眼鲨（谭满堂 配音）。危殆时间，波波得到小潜艇阿力（范楚绒 配音）的救助。他们带上小潜艇贝贝（洪海天 配音）以及海马宗族，踏上了寻觅彩虹瑰宝的旅途。