在第二部里,包拯(陆毅 饰)已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动,而成了稳重有谅解的县城父母官,偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京,查处收受贿赂贪污的官员接连连续逝世的案子。少年包青天再次出动,而沿路上在各个案子里遇见的王朝马汉、张龙赵虎,日后都会是我们了解的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策(任泉 饰)已然拜服在包拯的聪明才智下,甘心辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓(范冰冰 饰),生动捣蛋的她一向身份神秘,直到案子去到大画家冯止水事情,我们才理解小蜻蜓的身世凄惨:收养她的寄父自小视他如己出,为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》,内藏一隐秘。后来失踪于江湖再无音信,多年来小蜻蜓竭尽方法找寻寄父下落皆无音讯,这次唯有期望包拯能查出事情真相。