铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失利，决议再次向怪盗基德宣布应战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有贵重宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，约请基德前来应战，看他能否在东京到大阪的这6小时时刻内完成这项困难的使命。柯南、小兰等人天经地义也接到约请，乃至电视台的人也兴师动众前来。随着时刻的消逝，两边的对决悄悄打开。另一方面，恐怖组织赤色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，赤色暹罗猫突击了国立东京微生物研究所，并盗走一种丧命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。