一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却连续发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组一起研究案情，毛利小五郎也被约请参与，柯南则悄悄听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣安排的成员混进差人中间。在一次围捕举动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有安排内部人员材料的记忆卡有关。与此同时，潜入差人内部的间谍悄悄盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被点破，巨大的风险正向他和身边的人急速袭来……