有 230 万人口，其中多半人口为学生的「学园都市」，是比其他区域科技更为先进，并从事「超能力开发」的特别区域。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与特性使然，因此被卷入了学园都市中所发生的种种事情……