海底小纵队是一群活跃在海底的小小探险家，集结了巴克队长（北极熊）、皮医师（企鹅）、生物学家谢灵通（海獭）、摄像师达西西（腊肠狗）、机械工程师突突兔（兔子）、小队中尉呱唧（小猫）和章教授（章鱼）7名同伴。在巴克队长的带领下，一向向着不知道的海域不断探究行进！巴克队长和皮医师为了送小章鱼酷巴回家，结伴前往加勒比海。但是他们在途中遭受了突发事件，有必要穿过丛林，探究神秘的洞穴。在小纵队其他队员的支援下，他们展开了全新的探险之旅……