日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生,某日,她偶然经过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起,妖怪横行,人间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前,意欲变成真实妖怪的犬夜叉,为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处,两人之间产生了感情。犬夜叉因而期望变成人类,而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。但是,对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将魂灵和肉体献给妖怪,继而转生变成凶恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下,犬夜叉被桔梗封印在神木之上,重伤的桔梗也在哀痛绝望中死去。