故事将从沉睡在福萨马格纳的古代化石集合在一起，变成巨大的怪兽并前往东京的布景下打开。人类将其视为自然灾害，只有妖怪们注意到了本相，开始忧虑未来。这样下去国际就会消亡。可以封闭这一现象的是继承了传说中妖怪猎人血缘的琦玉县所泽市小学生渡边兄，被视为拯救国际的勇者的少年和卷进其间的妖怪们打开了大冒险。