在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类国际迎来了长达两年的平和岁月。这一日，入间队长伴随GUTS考古队来到坐落南太平洋的远古遗址露露耶，他们再次发现了业已消灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女首领卡美拉（芳本美代子 饰）。入间竭力反对对奇迹的触动，但一点点无法改动上层的决议，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，行将步入婚礼的殿堂。但是邪神指挥其喽啰向人类国际发起进攻，早已损失奥特曼力量的大古，面临当前的危机束手无策。