架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”控制已有150年，唯有“武士团”抵挡其控制，一直不懈反抗。武藏和小次郎也曾神往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。但是，他们所日子的乡镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将愿望藏在心中，直到有一天，他遭受了人类被鬼残暴杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！