电影《史前超人》讲述的是公元一万五千年前，高度文明的亚特兰蒂斯大陆被一场大海啸掀入海底，随后新的生命和文明再次在地球诞生。明朝末年，郑成功的副将唐文澜在大海中拾获装有亚特兰蒂斯王子的命运女神之匣，并将婴儿收养为义子，取名唐律。唐律生来便具有亚特兰蒂斯人的超能力，神的血脉让他的外貌始终维持在26岁的模样。为了寻觅圣石的下落，唐律从欧洲回到2018年的我国，与身世奥秘的屌丝女记者朱安安相识，朱安安无意中触发了引动圣石的前言，令她也具有了某些常人不具的异能，两人闹出各种匪夷所思的笑话。与此同时，国外某奥秘组织的生化科学家、具有黑暗力气的小矮人月见璃博士一直觊觎圣石，并不惜一切代价找寻与亚特兰蒂斯有关的事物，正邪大战一触即发……