《女校通缉令》叙述了警局里有名的倒运兄弟“鼠标”和“键盘”，总是功劳没份，投诉成堆，两个人互相看不顺眼，专心想着能换掉这个倒运的搭档。处长答应他们假如成功破获一次案子就考虑他们换搭档的请求，所以二人自告奋勇的来到一所贵族女校担任卧底去清查一同关于“面膜上瘾”的案子。在接头人Boos杨的支持下，两人尽管乌龙不断，但凭借女性打扮也得到不少便当，逐渐摸清线索，而与此同时，让两个倒运兄弟惊奇的是，在这所学校内还隐藏了一同私运军火案，在卧底查案中，二人摒弃成见，开端仔细追寻线索……