或许过去，又或许未来，人类大规模向世界殖民。当人口胀大到五千亿的时分，散落在世界各个角落的人类回来故乡地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类拟定了盖亚制裁，约定不许任何人插手这里。但是从前作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指派自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克带领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挠他的步伐。悠远的故乡，丢失已久的本相，令一切人为之震惊……