小智和皮卡丘等一行同伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩突如其来并被迫与小智锁在了一同。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们一起生活，因而非常厌烦人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开端。小智与皮卡丘又将一同开端新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了终年追求的终极创造——500 年前诞生于阿佐特王国的人工宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的不知道力气，贪婪又邪恶的贾维斯企图使用这股力气来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解互相的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何一起对立贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役行将打开！