由于阿笠博士家的浴室出了毛病，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去群众澡堂洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名奥秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和奥秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处荫蔽的别墅，并伪装成他的爸爸妈妈，而追寻近藤他们的阿笠博士和灰原则遭受严重车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙好像打算利用制作一同炸弹恐怖袭击。与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗（广末凉子 配音）置疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查丈夫的行迹。时间流逝，险峻的阴谋浮出水面……