《女校通缉令》叙述了警局里有名的倒运兄弟“鼠标”和“键盘”，总是劳绩没份，投诉成堆，两个人互相看不顺眼，专心想着能换掉这个倒运的伙伴。处长答应他们如果成功破获一次案子就考虑他们换伙伴的恳求，所以二人毛遂自荐的来到一所贵族女校担任卧底去追查一同关于“面膜上瘾”的案子。在接头人Boos杨的支持下，两人虽然乌龙不断，但凭仗女人装扮也得到不少便利，渐渐摸清线索，而与此同时，让两个倒运兄弟惊讶的是，在这所学校内还隐藏了一同私运军械案，在卧底查案中，二人摒弃成见，开端认真追寻线索……