夏天的一天，红发女孩玛丽（杉咲花 配音）被送到阿姨夏洛特地点的乡下小屋休假。初来乍到，玛丽对周遭的全部还不那么习惯，特别是调皮男孩彼得（神木隆之介 配音）有意和她对着干，令玛丽真实快乐不起来。偶然一次的林间探险，玛丽见到了传说中的魔法之花“夜间飞行”，还找到了一柄破扫帚。偏偏这把魔法扫帚载着玛丽飞上天空，来到了专门培养魔法师的恩德学园。在这个奇特的地点，玛丽遭到曼布勒切克女士（天海佑希 配音）的殷勤招待，还邂逅了奇形怪状的D博士（小日向文世 配音）。虽然女孩懵懵懂懂成为了魔法学员，可是他很快发现了这里所隐藏的秘密……