在幻影忍者们齐心协力击退飞天海盗之后，忍者国际康复到往日的平和。忍者们认真地进行日常训练，但大地忍者 - 寇，好像有什么心事困扰着他。寇在曩昔的战役傍边，被邪恶的杨大师变成了鬼魂，本来他还以为自己已渐渐习惯鬼魂形状，但他却惊觉自己有可能随时会消失不见，仿佛不曾存在过相同。就在这个时分，他又听到了杨大师的呼唤，发现杨大师正在进行一个阴谋，企图将曩昔曾被忍者们打倒的强壮魔头们全都召唤回忍者国际！面临多个曩昔的死敌一起袭来，幻影忍者们能招架得住吗？而寇，是否可以渡过这次的难关，持续存在于这个世上呢？