故事描绘一个叫屁祖隐的女性带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告知他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人过夜的当晚，野原家遭到奥秘忍者集团的突击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，代代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。所以，地球的存亡就交给了新之助的忍法。