自己的阳台栏杆上呈现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节呈现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力现已可以经过科学技术创造出来，可是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也确定了少女的魔法。少女以危险为由脱离上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术穿插的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开端了。