四个情同手足的乌龟少年一直生活在人类城市隐秘的下水管道中，他们巴望成为这个城市的英豪，被人接受。在人类朋和睦普莉尔的协助下，四位忍者神龟开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物戎行的降临，相同属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……