坐落东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其间约8成是学生的这座都市中，施行着超才能开发的特殊课程，学生们的才能被给予从“无才能Level 0”到“超才能Level 5”的六阶段点评。 　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他因为隐藏在右手中的力气——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被点评为一败涂地的“无才能”，过着充溢不幸的人生。 　　而上条的学生日子，因为暑假开端时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”国际的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开端，上条就被卷入了各式各样的事情中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝相关的“魔法”方，在惊险地解决双方事情的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，总算注意到上条的存在……。 　　好像照应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐步开端敌对的国际意向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所相关，而使命运大为改动的“英雄”们。 　　他们挺身而出与国际坚持。好像上条当麻做过的那样。 　　科学与魔法第三次交错之时，故事将大幅推进！！