本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、生灵涂炭。奸臣严嵩（倪大红 饰）翅膀布满、权倾朝野，清官海瑞（黄志忠 饰）不惧强权，勇于向腐朽封建的皇权建议挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。其时的中国经济兴旺，市井文明也算昌盛，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地吞并使千百万农人一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了当地各级官员的不满，“倒严”之声甚嚣尘上，从上至下、从里到外，从朝廷到当地官府，处处充斥着离心离德、明争暗斗的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷繁登上了其时的历史舞台......